블루 쉬프트의 주인공은 하프와 어포징 포스에서 소외된 존재, 경비원이다. 한둘이 아닌 경비원들 중 게이머는 하프의 오프닝에서 프리맨을 맞이했던 경비원, ‘바니’로 플레이한다. 연구소를 경비하는 임무를 맡은 만큼 이번에는 하프와 어포징 모두에서 가보지 못했던 블랙 메사의 ‘숨겨진 1인치’를 마음껏 활보할 수 있다.